On peut faire remonter l’origine du Sanctuaire Ă  la fin du Ve et au dĂ©but du VIe siĂšcle. Des anciennes sources Ă©crites en rendent tĂ©moignage : une lettre envoyĂ©e par le Pape GĂ©lase Ier vers 493-494, Ă  Justus, Ă©vĂȘque de Larino, une autre lettre du mĂȘme Pontife Ă  Herculentius, EvĂȘque de Potenza (492-496) et aussi une note rapportĂ©e Ă  la date du 29 septembre dans le “ Martyrologe Geronimiano ”.
Mais c’est le “ Liber de apparitione sancti Michaelis in Monte Gargano ” remontant au VIIIe siĂšcle, qui reconstitue de maniĂšre Ă  la fois prĂ©cise et Ă©vocatrice les faits miraculeux qui furent Ă  l’origine du culte de l’Archange Michel sur le Gargano.
Celui-ci est liĂ© au rĂ©cit de trois apparitions qui y sont rapportĂ©es avec une extraordinaire et Ă©mouvante vivacitĂ© et qui atteste des faits miraculeux survenus et qui furent suivis plusieurs siĂšcles aprĂšs, d’une quatriĂšme apparition tout autant prodigieuse.
La premiĂšre apparition, datĂ©e de 490, est celle qui prĂ©sente les aspects les plus lĂ©gendaires et Ă©tonnants. Elle est identifiĂ©e comme “ l’épisode du taureau ”. 

L’épisode du taureau

Un jour, un riche de Siponto (pour certains Elvio Emanuele, 33Ăšme condottiere des armĂ©es sipontines) faisait paĂźtre ses troupeaux sur le mont Gargano. Soudain le plus beau taureau du troupeau disparut. Son propriĂ©taire se mit fĂ©brilement Ă  sa recherche dans les endroits les plus cachĂ©s et Ă©boulĂ©s pour finalement le retrouver au sommet de la montagne, agenouillĂ© Ă  l’entrĂ©e d’une grotte. Furieux il dĂ©cocha une flĂšche contre l’animal rebelle, mais d’une maniĂšre inexplicable, la flĂšche au lieu de blesser le taureau vint le blesser au pied. 
TroublĂ© par ce fait, il se rendit chez l’évĂȘque qui, aprĂšs avoir Ă©coutĂ© le rĂ©cit de cette aventure extraordinaire, ordonna trois jours de priĂšre et de pĂ©nitence. À la fin du troisiĂšme jour, l’Archange Michel apparut Ă  l’évĂȘque et lui dit : “ Je suis l’Archange Michel et je demeure toujours en la prĂ©sence de Dieu. La caverne m’est un lieu sacrĂ©, je l’ai choisie ; j’en suis moi-mĂȘme le gardien vigilant
.LĂ  oĂč le rocher s’entrouvre, les pĂ©chĂ©s des hommes peuvent ĂȘtre pardonnĂ©s
 Ce qui sera demandĂ© ici dans la priĂšre sera exaucĂ©. Va donc sur cette montagne et consacre la Grotte au culte chrĂ©tien ”. 
Mais, comme cette montagne mystĂ©rieuse et presque inaccessible avait Ă©tĂ© un lieu de culte paĂŻen, l’évĂȘque hĂ©sita longtemps avant d’obĂ©ir aux paroles de l’Archange.

L’épisode de la Victoire

La seconde apparition de Saint Michel, dite “ de la Victoire ”, est traditionnellement datĂ©e de l’annĂ©e 492, mĂȘme si pour les spĂ©cialistes actuels, le fait se rapporte Ă  un Ă©pisode de la guerre entre le Duc Lombard Grimoaldo et les Grecs en 662-663, quand la victoire fut attribuĂ©e par les Lombards Ă  l’intercession et Ă  l’aide valeureuse de Saint Michel.  Selon la tradition, la ville de Siponto, assaillie par les troupes ennemies, Ă©tait sur le point de se rendre. L’évĂȘque Saint Laurent obtint de l’ennemi une trĂȘve de trois jours et, avec confiance, il s’adressa au Chef de l’armĂ©e cĂ©leste en y joignant la priĂšre et la pĂ©nitence. Au bout des trois jours, l’Archange Michel apparut Ă  l’évĂȘque et l’assura d’une victoire certaine et complĂšte. Ce message remplit d’espĂ©rance le coeur des assiĂ©gĂ©s. Les dĂ©fenseurs sortirent de la ville et se livrĂšrent Ă  une bataille sans merci, orchestrĂ©e par des tremblements de terre, la foudre, le tonnerre et les Ă©clairs d’une force impressionnante. La victoire des Sipontins fut totale et les ennemis exterminĂ©s.

L’épisode de la DĂ©dicace

La troisiĂšme apparition est connue aussi sous le nom de “ l’épisode de la DĂ©dicace â€. Toujours selon la tradition, en 493, aprĂšs la victoire, l’évĂȘque dĂ©sira obĂ©ir au Protecteur CĂ©leste et consacrer la Grotte Ă  Saint Michel en signe de reconnaissance. De plus l’avis positif du
Pape GĂ©lase 1er (492-496) l’avait rassurĂ©. Mais, de nouveau l’Archange lui apparut et lui annonça qu’il avait lui-mĂȘme dĂ©jĂ  consacrĂ© la Grotte. Alors, l’évĂȘque de Siponto avec les sept autres Ă©vĂȘques des Pouilles se rendirent accompagnĂ©s du peuple et du clergĂ© de  Siponto, en procession vers le lieu sacrĂ©. En chemin, un prodige se produisit : des aigles, par leurs ailes dĂ©ployĂ©es, protĂ©gĂšrent les Ă©vĂȘques des rayons du soleil. ArrivĂ©s Ă  la Grotte ils trouvĂšrent un autel de pierre Ă  l’état brut dĂ©jĂ  Ă©rigĂ©, recouvert d’un pallium rouge vermeil et surmontĂ© d’une Croix. Ils trouvĂšrent aussi, comme le raconte la lĂ©gende, l’empreinte du pied de Saint Michel. Avec une joie immense, l’évĂȘque offrit le Sacrifice divin pour la premiĂšre fois. C’était le 29 septembre.
La Grotte elle-mĂȘme, comme unique lieu de culte non consacrĂ© par la main humaine, reçut au cours des siĂšcles le nom de “Basilique CĂ©leste ”.