Au terme de notre itinéraire, nous pouvons visiter ces cryptes très intéressantes qui remontent à l’époque lombarde. Remises au jour, suite aux fouilles organisées par l’Archidiacre du Chapitre Mgr Nicola Quitadamo dans les années 1949-1960, elles servaient d’entrée à la Grotte et elles furent  définitivement abandonnées au cours du XIIIe siècle, à l’époque des constructions angevines.
De nombreuses inscriptions le long des murs des “ cryptes ”, certaines en caractère runique, sont le témoignage de l’afflux remarquable des pèlerins jusqu’à l’époque lombarde. Les cryptes sont constituées de deux espaces dont les structures durent être réalisées en deux phases immédiatement successives. Quelques inscriptions murales,
identifiées en 1974, ont rendu possible la datation de la construction entre la fin du VIIe et le début du VIIIe siècle.
Les cryptes, d’une longueur avoisinant les soixante mètres, s’étendent sous le pavement de la Basilique. La zone, d’une longueur de 45 mètres environ, arrive jusqu’à  l’imposant mur de soutien sur lequel, dans la partie supérieure viennent s’appuyer les fameuses portes de bronze. Cette première partie apparaît à nos yeux comme une galerie en arcades articulée en huit travées rectangulaires communicant entre elles par des arches transversales qui se détachent de gros pilastres faisant saillie des murs latéraux. Une voûte en berceau recouvre l’ensemble. Durant les travaux entrepris par les Pères Bénédictins en 1975, on a découvert aussi une pièce mortuaire avec deux  sarcophages; l’un d’entre eux n’a pas été ouvert. Sa couverture
est en mortier avec une croix gravée des VII – VIIIe siècles. Dans cet espace évocateur ont été exposées diverses sculptures provenant des fouilles du sanctuaire, de l’ex Eglise de Saint Pierre et des ruines de l’Abbaye bénédictine de Sainte Marie de Pulsano. Toutes les pièces qui sont exposées ici, peuvent être datées des VII- VIIIe siècles jusqu’au XVe siècle. En commençant notre visite nous pouvons admirer différentes
sculptures qui témoignent de la glorieuse histoire de ce lieu. Nous allons en énumérer quelques-unes parmi les plus significatives.
L’emblème de la ville de Monte Sant’Angelo de l’année 1401, divers éléments architectoniques du XI-XIIe siècle, comme des fragments de colonnes, de colonnettes  en pierre du pays, des éléments décoratifs, une Vierge à l’Enfant du XVe siècle; une
statue de Saint Michel de la première moitiĂ©Â du XIVe; Une statue du RĂ©dempteur du XVe; un lavabo dĂ©corĂ© de scènes bibliques; divers fragments d’un ambon dont un aigle porte-missel venant de la boutique d’Acceptus du XIe siècle ; des fragments de pluteum des X – XIe siècles, une croix funĂ©raire du VIIIe siècle; une autre sculpture reprĂ©sentant Saint Michel du XIVe; un Ange avec un Ă©tendard des Xe-XIe siècles; un Christ en prière des XIe – XIIe siècles et, de la mĂŞme Ă©poque, une
Vierge acéphale (sans tête).
Dans une salle latĂ©rale sont exposĂ©es des colonnes torses avec chapiteaux des X-XIe siècles, un lion–support de la mĂŞme  époque, des dalles de carrelage du VIII – IXc siècles, des plaques en terre cuite, des dessus de tombes attribuĂ©s par certains aux VIII – IX e siècles, par d’autres Ă l’époque romane, enfin des fragments de plaques avec inscriptions qui remontent Ă l’annĂ©e 1066.
Par l’ouverture creusée dans le mur porteur des portes de  bronze, nous nous trouvons dans un autre secteur de l’époque lombarde, divisé en deux larges nefs rythmées par une enfilade centrale de trois arcades en plein cintre, et délimité au nord et au sud d’autant d’arcades soutenues par de puissants piliers.
La couverture de cet espace devait être formée par une voûte en berceau soutenue par des grosses arcades transversales. Les
nefs étaient occupées par des escaliers : celui de droite, d’allure curviligne est conservé intégralement dans sa trajectoire ; celui de gauche, d’allure rectiligne fut détruit pendant les travaux. Les deux escaliers aboutissaient sur une petite esplanade délimitée à  l’est par une abside, avec un autel de forme cubique, marqué de nombreuses inscriptions, au nord par quelques  pièces dont les entrées furent obturées et, au sud, par deux
accès qui donna ient sur la pente rocheuse en avant de la Grotte. A gauche de l’autel, protégée par un morceau de pierre, fut retrouvée une fresque appelée le “Custos Ecclesiae ” que l’on peut attribuer au Xe siècle et qui est exposée aujourd’hui dans la Salle Convegni. Des restes de fresques et de nombreuses inscriptions murales peuvent nous permettre de comprendre l’importance du Sanctuaire spécialement pour
les Lombards.
Ces zones furent définitivement closes vers les années 1270-1275, quand les Angevins, avec les nouvelles constructions donnèrent au Sanctuaire l’organisation actuelle en sacrifiant
les oeuvres précédentes élevées en l’honneur de Saint Michel Archange.