Es handelt sich hier um die Bereiche der byzantinisch-langobardischen Zeit, die im Zuge der Ausgrabungen unter dem Erzdiakon des Kapitels, Nicola Quitadamo, in den Jahren 1949-1960 wieder ans Tageslicht traten Sie dienten als Zugang zur Grotte und wurden im XIII. Jahrhundert, zur Zeit der Bauten Anjous, endgültig aufgegeben.
Zahlreiche Inschriften an den Wänden der “Krypten”, einige davon in Runenschrift, bezeugen den starken Zustrom der Pilger bis in die Langobardenzeit. Die Krypten bestehen aus zwei Bereichen, deren Strukturen unmittelbar hintereinander gebaut worden sein müssen. Einige 1974 entdeckte Wand-Inschriften ermöglichten eine Datierung der Bauten in die Zeit zwischen Ende des VII. und Beginn des VIII. Jahrhunderts.
Die Krypten, die etwa 60 m lang sind, breiten sich unter dem Boden der Basilika aus. Der Bereich, etwa 45 m lang, reicht bis zur mächtigen Stützmauer, auf welcher im oberen Teil die berühmten Bronzetore stehen. Dieser erste Teil erscheint uns wie eine Säulenhalle, in acht rechteckigen Feldern, die untereinander durch Querbogen verbunden sind, über denen großen Pilaster hervorschauen, welche über die Seitenwände hervorragen. Das Ganze ist von einem Tonnengewölbe überspannt. Außerdem wurde während der im Jahr 1975 von den Benediktinern durchgeführten Arbeiten eine Totenkammer entdeckt mit zwei Sarkophagen, von denen einer ungeöffnet ist, mit einem gemauerten Verschluß und einem eingezeichneten Kreuz aus dem VII.-VIII. Jahrhundert. In diesem beeindruckenden Bereich sind einige Skulpturen ausgestellt, die aus den Ausgrabungen im Heiligtum, aus der ehemaligen Kirche St. Peter und aus den Ruinen der Benediktinerabtei S. Maria di Pulsano stammen. Alle hier ausgestellten Funde stammen aus der Zeit des VII.-VIII. Jahrhunderts bis ins XV. Jahrhundert.
Am Beginn unseres Rundgangs können wir etliche Skulpturen bewundern, die die ruhmreiche Geschichte dieses Ortes bezeugen. Wir nennen hier nur einige der bedeutendsten Funde: das Wappen der Stadt Monte Sant’Angelo aus dem Jahr 1401; verschiedene architektonische Elemente aus dem XI.-XII. Jahrhundert, sowie Fragmente von Säulen, Säulchen aus einheimischem Stein, Verzierungen, eine Madonna mit Kind aus dem XV. Jahrhundert; eine Statue des hl. Michael aus der ersten Hälfte des XIV. Jahrhunderts; ein Becken, das mit biblischen Szenen geschmückt ist; einige Fragmente von Ambonen, darunter einen Adler mit Lesepult aus der Werkstatt des Acceptus aus dem XI. Jahrhundert; Fragmente eines Ständers aus dem X.-XI. Jahrhundert; ein Grabstein in Kreuzesform aus dem VII. Jahrhundert; eine weitere Statue des hl. Michael aus dem XIV. Jahrhundert; ein Engel mit Banner aus dem X.-XI. Jahrhundert; ein betender Christus aus dem XI.-XII. Jahrhundert; eine kopflose Madonna aus derselben Zeit. In einem Seitenraum sind gewundene Säulchen mit Kapitälen aus dem X.-XI. Jahrhundert ausgestellt; ein säulentragender Löwe derselben Zeit, eine Bodenplatte aus dem VIII.-IX. Jahrhundert; Grabplatten in Terrakotta, wohl aus dem VIII.-IX. Jahrhundert oder gar aus römischer Zeit; schließlich Plattenfragmente mit Inschriften aus dem Jahr 1066.
Wenn wir die Stützmauern für das Bronzeportal durchschreiten, befinden wir uns im anderen Bereich aus der Langobardenzeit. Er ist in zwei breite Schiffe geteilt, die von einer Reihe von drei Rundbögen gegliedert und nach Norden und Süden von ebenso vielen Bögen begrenzt werden, die auf kräftigen Pfeilern ruhen. Die Decke dieses Bereiches muß von einem Tonnengewölbe gebildet worden sein, gestützt von Querbögen. In den Schiffen befanden sich die Treppen: jene geschwungene, rechts, ist noch unversehrt erhalten; jene gerade, links, wurde während der Arbeiten zerstört. Die beiden Treppen endeten auf einem kleinen Absatz, der nach Osten von einer Apsis mit einem Altarblock aus viereckigen Keramik-Scherben mit zahlreichen Spuren von Inschriften begrenzt wurde; nach Norden von einigen Räumen, deren Eingänge verschlossen waren; nach Süden von zwei Zugängen, die zum felsigen Abhang vor der Grotte führten abgeschlossen wurde. Links vom Altar wurde unter Steinplatten ein Fresko gefunden, das Custos Ecclesiae genannt wird und ins X. Jahrhundert datierbar ist. Es befindet sich heute im Versammlungssaal. Aus den Resten der Fresken und den zahlreichen Mauerinschriften können wir die Bedeutung dieses Heiligtums vor allem für die Langobarden verstehen.
Diese Bereiche wurden etwa um 1270-1275 endgültig geschlossen, als die Anjous mit ihren Neubauten dem Heiligtum die heutige Form gaben und dabei die zuvor zu Ehren des hl. Erzengels Michael errichteten Bauten opferten.