Le “Cripte” sono composte da due ambienti le cui strutture dovettero realizzarsi in due fasi immediatamente successive l’una all’altra. Alcune iscrizioni murarie hanno reso possibile datare le costruzioni tra la fine del VII e l’inizio del secolo VIII.
Lunghe circa 60 metri, si sviluppano fin sotto il pavimento della Basilica. L’ambiente giunge fino al possente muro di sostegno sul quale, nella parte superiore, sono poggiate le famose Porte di bronzo. Questa prima parte appare come una galleria porticata coperta da volte a botte. Qui sono esposte diverse sculture provenienti dagli scavi del santuario, dall’ex chiesa di San Pietro e dalle rovine dell’abbazia benedettina di Santa Maria di Pulsano.
Tra queste: lo stemma della CittĂ di Monte S. Angelo dell’anno 1401; una statua di San Michele della prima metĂ del secolo XIV; una statua del Redentore del secolo XV; una Madonna con Bambino del secolo XV; una croce funeraria del secolo VIII; un angelo con vessillo tra il X – XI secolo; un Cristo orante del secolo XI – XII e, dello stesso periodo, una Madonna acefala; un lavabo decorato con scene bibliche; frammenti di ambone fra i quali un’aquila con leggìo della bottega di Acceptus del secolo XI.
Passando attraverso l’apertura scavata nel muro di sostegno delle porte di bronzo si passa nell’altro ambiente di epoca longobarda, diviso in due ampie navate. La copertura doveva essere costituita da una volta a botte sostenuta da arconi trasversali. Le navate erano occupate da due scale: quella a destra, ad andamento curvilineo, è conservata integralmente nel suo percorso; quella di sinistra, ad andamento rettilineo, è andata distrutta. Le due scale terminavano su una piccola platea, delimitata ad est da un’abside, con un altare a blocco in conci squadrati. Alla sinistra dell’altare è stato ritrovato, protetto da lastre di pietra, un affresco chiamato il Custos Ecclesiae, attribuito al secolo X, oggi esposto nella Sala Convegni. Questi ambienti furono chiusi definitivamente verso gli anni 1270 – 1275, quando gli Angioini, con le nuove costruzioni, diedero al Santuario l’assetto attuale, sacrificando le precedenti opere.